Manukan, la deuxième plus grande île avec 20 hectares, abrite l'infrastructure d'accueil principale du parc—jetées, postes de garde et centres de plongée établis à la fin des années 1980, lorsque le tourisme récifal de Sabah est passé de l'extraction à la conservation. Sapi, une île de 10 hectares située à 200 mètres au sud, est restée moins développée jusqu'en 2003, préservant les peuplements de filaos en bord de mer et les herbiers marins peu profonds qui servent aujourd'hui de base aux circuits de snorkeling. Le système de frais de conservation, introduit dans tout le parc en 2005, finance des programmes de réhabilitation des coraux qui ont inversé les dommages causés par le blanchissement lors de l'événement El Niño de 1998.
Les deux îles reposent sur le plateau sous-marin de la chaîne Crocker, où le socle granitique rencontre des formations récifales de l'Holocène dominées par des coraux Acropora et Porites. Les études marines menées entre 2018 et 2023 ont répertorié 376 espèces de poissons dans les limites du parc—des bancs de poissons-balistes près du bord du récif oriental de Manukan, des poissons-perroquets broutant les massifs d'Acropora de Sapi. La canopée terrestre des îles, bien que fragmentée par l'extraction de bois du début du XXe siècle, abrite des macaques à longue queue et des varans observés le long des sentiers intérieurs. Une excursion aux îles Manukan et Sapi combine généralement les deux sites en une seule journée, avec des hors-bords partant du terminal de Jesselton Point pour des traversées de 20 minutes passant devant les villages sur pilotis de l'île Gaya et les balises récifales submergées protégeant les zones de plongée.
La plage en croissant de Manukan s'étire sur 500 mètres sous une forêt tropicale restaurée, où des panneaux d'interprétation détaillent le cycle de l'azote liant le ruissellement forestier à la santé des récifs. Les deux plages de Sapi—une étendue nord privilégiée pour la lumière matinale, une crique sud abritée par des affleurements calcaires—se font face à travers un étroit banc de sable qui émerge à marée basse. L'autorité du parc limite le nombre de visiteurs par île à 1 000 par jour, un quota rarement atteint en dehors des vacances scolaires malaisiennes. Les grains d'après-midi entre novembre et février suspendent occasionnellement les opérations des bateaux, bien que les excursions dans le parc marin fonctionnent toute l'année avec des horaires adaptés pendant la mousson du nord-est. Le cadre de conservation ici a été pionnier dans les systèmes de permis plus tard adoptés dans les aires marines protégées (AMP) du Triangle de Corail de Sabah.
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